Uniendo tablas de dos bases de datos usando codeigniter

Utilice el método de consulta de CodeIgniter y pase cualquier consulta SQL compleja a través de:

$query = $this->db->query("SELECT * FROM dbname1.table t1 JOIN db2.table t2 ON t2.column = t1.column");

foreach ($query->result() as $row)
{
    print_r($row);
}