Así que terminé usando fputcsv para poner los datos que cambié en un nuevo archivo CSV, luego usé el comando LOAD DATA INFILE para poner los datos del nuevo archivo csv en la tabla. Esto cambió el tiempo de espera de 120 segundos para 1000 entradas, a tomar alrededor de 10 segundos para hacer 10,000 entradas. Gracias a todos los que respondieron.
