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MySQL Encuentra diferencias en los niveles de existencias entre dos tablas y devuelve el resultado

select y.StockNumber, t.StockLevel - y.StockLevel from yesterday as y inner join today as t on (y.StockNumber = t.StockNumber)

editar:

para capturar productos en la tabla de hoy que no estaban en la tabla de ayer:

select y.StockNumber, t.StockLevel - coalesce(y.StockLevel,0) from yesterday as y right join today as t on (y.StockNumber = t.StockNumber)

El coalesce asegura que si tiene un producto que no está en yesterday , obtendrá t.StockLevel - 0 en lugar de t.StockLevel - NULL