select y.StockNumber, t.StockLevel - y.StockLevel from yesterday as y inner join today as t on (y.StockNumber = t.StockNumber)
editar:
para capturar productos en la tabla de hoy que no estaban en la tabla de ayer:
select y.StockNumber, t.StockLevel - coalesce(y.StockLevel,0) from yesterday as y right join today as t on (y.StockNumber = t.StockNumber)
El coalesce asegura que si tiene un producto que no está en yesterday
, obtendrá t.StockLevel - 0
en lugar de t.StockLevel - NULL