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Diferencias entre utf8 y latin1
No puedo decir que sea un experto en esta área, pero hasta donde puedo ver, UTF8 y Latin1 codifican los caracteres de manera diferente. Por lo tanto, tratar de cotejar UTF8 usando Latin1 no tiene sentido.
http://dev.mysql.com/doc/refman /5.0/en/charset-aplicaciones.html
Considerando que:
CREATE DATABASE mydb
DEFAULT CHARACTER SET utf8
DEFAULT COLLATE utf8_general_ci;
es consistente.
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Lo siento, acabo de volver a leer tu pregunta y dices que la tabla usa latin1. Extraño. ¿Has intentado usar las intercalaciones utf8?