Después de buscar un poco más, encontré el siguiente enlace que sugiere que es un error de MySQL:https://groups.google.com/forum/#!topic/sqlalchemy/ajYLEuhEB9k
Afortunadamente, deshabilitar supports_san_multi_rowcount ¡ayudado!
engine = engine_from_config(settings, 'sqlalchemy.')
engine.dialect.supports_sane_rowcount = engine.dialect.supports_sane_multi_rowcount = False
Lo suficientemente bueno para mí por ahora. Aquí hay otros recursos interesantes que encontré en el camino al tratar con postgresql:">https://bitbucket.org/zzzeek/sqlalchemy/issue/3015/deletes-ejecuted-two-time-when-using
