Aquí hay una expresión regular de MySQL simple que permite ciertos caracteres entre grupos de números.
SELECT telephone_number
FROM table
WHERE telephone_number REGEXP '^1[() -]*999[() -]*999[() -]*9999$';
Esto coincide sus registros pero no formatea ellos de tal manera que el misceláneo. se eliminan los caracteres, pero al menos puede encontrar los registros que coinciden con el número en cuestión.
Puede arreglar fácilmente el formato cambiando esto a una declaración de actualización.