No parece que mysqlimport pueda leer STDIN, pero tal vez pueda experimentar con un named pipe . Algo así (no probado)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
O puede usar una extensión to bash para ejecutar comandos en lugar de archivos
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)
