No veo por qué tendrías que dejar caer el índice. Simplemente créelo una vez en el ID de fila si aún no está definido como la clave principal en cada una de esas tablas, en cuyo caso ya está indexado.
Por último, en lugar de eliminar y luego reinsertar datos, tal vez podría, si es posible, hacer una actualización que sería más rápida en general.
