Parece que está utilizando una consulta sin búfer en MySQL .
Si es así, ¿tendrá que activar el almacenamiento en búfer o interrumpir la ejecución de la consulta anterior que parece colgarse?
Algo así como $query->close()
EDITAR:
Si $query es una instancia de StatementInterface , luego está getResource() que devuelve mysqli_stmt y puede llamar a close()
en él.
EDIT2:(para incorporar la resolución final)
En caso de que use PDO, puede obtener PDOStatement y llama a closeCursor()
