Puede que no sea la forma más bonita, pero fácilmente puedes hacer algo como:
set @rank = 0;
set @prev = 0;
select id, score, IF (id = @prev, @rank := @rank + 1, @rank := 1), @prev := id
from scores
order by id, score;
Supongo que también desea la declaración de actualización, y sería:
set @rank = 0;
set @prev = 0;
update scores
set rank = IF(id = @prev, @rank := @rank + 1, @rank := 1),
id = (@prev := id)
order by id, score;