Usted puede ser capaz de engañarlo y usar una expresión regular para buscar:
"(.*?)"(?=,|$)
Pero eso es una especie de hack-ish (básicamente, solo acepte una cita final cuando sea seguida inmediatamente por una coma o un final de línea). La misma lógica se aplicaría a buscar y reemplazar. (Nuevamente, todo esto supone que una cita "extraviada" nunca seguirá las reglas CSV estándar (por ejemplo, tener una coma/línea [comienzo/fin] antes o después))
Supongo que no tiene control sobre los datos originales y tiene que trabajar con lo que tiene.
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Aunque solo he probado esto en un pequeño muestra de sus datos, esto parece encontrar las comillas "extraviadas", a las que puede usar un reemplazo con "" en:
(?<!^|"|,)"(?!"|,|$)
