La combinación de SUM(), GROUP_BY() y LEFT_JOIN() devuelve resultados incorrectos:¿cómo solucionarlo?

GROUP BY agrupa los resultados , no las filas de la tabla individualmente.

Según su comentario, solo devuelva filas en el horario que no estén vinculadas a una de esas etiquetas :

SELECT 
    date_format(from_unixtime(date), '%Y-%m-%d') as myDate,
    ROUND(SUM(time) / 60,1) as hours
FROM `time` h
  LEFT JOIN (
    SELECT DISTINCT te.entity_id
    FROM tag_entity te
      LEFT JOIN tags t on t.tag_id = te.tag_id
    WHERE te.entity_id IS NOT NULL AND t.tag_name IN ('foo', 'bar', 'baz')
  ) g ON h.entity_id = g.entity_id
WHERE g.entity_id IS NULL
group by
    myDate

order by
    hours DESC, myDate ASC