Verifique su uso de memoria o, más probablemente, su uso de disco (¿hay suficiente espacio libre durante el proceso?). Modificar una tabla puede requerir una gran cantidad de memoria o una copia en disco de su tabla. Cambiando el algoritmo alterado de INPLACE para COPY
puede ser aún más rápido en su caso particular.
También puede estar presionando el innodb_online_alter_log_max_size limit, aunque en ese caso solo debería fallar la consulta, no todo el servidor. Es posible que el bloqueo se deba a ROLLBACK , y no la operación en sí.
Finalmente, algunas configuraciones de aplicaciones o servidores de alojamiento cancelan una solicitud de consulta/http que está tardando demasiado, le recomiendo que ejecute la misma consulta en la línea de comandos del cliente con fines de prueba.
