Cree JSON multinivel con PHP y MySQL

El JSON_OBJECT se devuelve a PHP como una cadena (como prodigitalson comentado)

Desea tener todos sus datos como una matriz asociativa.

Para hacer eso, en el ejemplo que publicaste, json1 debe pasarse a través de json_decode .

while ($row = mysqli_fetch_assoc($result)) {
        $row['json1'] = json_decode( $row['json1'], true ); // <----
        $resultArray[] = $row;
}
return $resultArray;

Ahora debería obtener el resultado deseado:

echo json_encode($resultArray);