Puedes usar Limit
en su eliminación e intente eliminar datos en lotes de, digamos, 10,000 registros a la vez como:
DELETE
FROM t
WHERE date="2013-11-24"
LIMIT 10000
También puede incluir una cláusula ORDER BY para que las filas se eliminen en el orden especificado por la cláusula:
DELETE
FROM t
WHERE date="2013-11-24"
ORDER BY primary_key_column
LIMIT 10000