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error 1206 cada vez que intenta eliminar registros de una tabla

Puedes usar Limit en su eliminación e intente eliminar datos en lotes de, digamos, 10,000 registros a la vez como:

DELETE
FROM t
WHERE date="2013-11-24"
LIMIT 10000

También puede incluir una cláusula ORDER BY para que las filas se eliminen en el orden especificado por la cláusula:

DELETE
FROM t
WHERE date="2013-11-24"
ORDER BY primary_key_column
LIMIT 10000