Aunque UTF-8 no siempre tiene 3 bytes para cada carácter, MySQL reserva 3 bytes por carácter para los índices.
Si su aplicación lo permite (es decir, no se usa en una restricción de CLAVE ÚNICA), redefina/ALTERE la tabla para usar una clave de prefijo de la longitud adecuada (es decir, <1000/3).
CREAR TABLA mi_tabla....CLAVE mi_campo_20 (mi_campo(20));