Parece que probablemente quiera hacer que una de las bases de datos actúe como esclava de la otra, de esa manera cualquier actualización en la maestra se propagará automáticamente a la esclava. La documentación de MySQL tiene bastantes detalles sobre esto.
Si desea poder realizar actualizaciones en cualquiera de las bases de datos y replicarlas en la otra, creo que también es posible configurar MySQL para usar la replicación multimaestro.
