Espero que te ayude.
// Chunk of Array with 999 Records, I have not taken risk for 1000 users :D
// Here $array is a collection of rows which you get from Table.
$final_array = array_chunk($array, 999);
// Loop for Every Sub Array and Send to FCM Server
foreach($final_array as $array_of_chunk) {
// Your code for sending notification...
// $registrationIds = $array_of_chunk;
}
Puede ver el código completo para PHP aquí Enviar notificación de Firebase a más de 1000 usuarios a la vez desde PHP .
Gracias.