PHP y las casillas de verificación marcan las que van a la tabla

En primer lugar, debe cambiar este HTML para que la casilla de verificación sea una matriz

$query = "select * from pharmacy";
$result = mysql_query($query);
$num = mysql_num_rows($result);
$num1 = mysql_num_fields($result);

if($num>0)
{
    echo "<table border=2>";
    for($i=0;$i<$num;$i++)
    {
        $row=mysql_fetch_row($result);
        echo "<tr>";
        echo"<td><input type='Checkbox' name='pi[$i]' /></td>";
        echo"<td>$row[0]</td>";

        echo"</tr>";
    }

luego en la página de acción

    foreach($_POST['pi'] as $key=>$value)
    {
    if($value=="on")
    {
    //DO THE INSERT CODE HERE
// the $key is the $i counter in the HTML
// the $value is whether the user selected it no in this case its just on/off
    }
    }