Error al dividir datos mysql en 3 columnas

La solución más rápida es que necesita un "break " en el bucle interior.

for ($i=0; $i < count($data)/3; $i++){
    for ($j=0; $j<3; $j++){
         if (($i * 3) + $j >= count($data)) {
             break;
         }

Tenga en cuenta que debe ahorrar una fracción de potencia informática almacenando el conteo ($datos) en una variable, a menos que espere que el conteo cambie.

$countOfData = count($data);
for ($i=0; $i < $countOfData/3; $i++){
    for ($j=0; $j<3; $j++){
         if (($i * 3) + $j >= $countOfData) {
             break;
         }