Hay varias interfaces SQL para muchas marcas diferentes de bases de datos en PHP. No has mostrado el código PHP que usas para ejecutar la consulta, ni has identificado qué marca de base de datos usas.
En algunas interfaces de SQL en PHP, la creación de la instrucción ejecuta implícitamente el SQL. Entonces tiene la oportunidad de obtener resultados (si se trata de una instrucción SELECT). Si su declaración fue SELECCIONAR o ELIMINAR, es probable que no se haya producido ningún daño, aunque no es necesario ejecutar la declaración dos veces. Sin embargo, si su declaración fue una INSERCIÓN o ACTUALIZACIÓN, es posible que haya entrado en vigencia dos veces.
Por ejemplo, usando PDO:
$pdo = new PDO(...options...);
$stmt = $pdo->query('UPDATE ...'); // executes once
$stmt->execute(); // executes a second time
