Esto debería hacerlo:
SELECT JSON_CONTAINS(JSON_EXTRACT(Doc, '$.*.f1[*].c1'), '"foo1"') FROM table;
Si está utilizando 5.7.9 o posterior, puede reemplazar JSON_EXTRACT
función con el ->
operador:
SELECT JSON_CONTAINS(Doc->'$.*.f1[*].c1', '"foo1"') FROM table;