Debe usar pt-online-schema-change , una herramienta para automatizar operaciones ALTER TABLE para MySQL, sin bloqueando la mesa. Es parte de Percona Toolkit, una colección gratuita de herramientas auxiliares indispensables para desarrolladores de MySQL y administradores de bases de datos.
$ pt-onlines-chema-change h=localhost,D=mydatabase,t=mytable \
--alter="add column mod_time timestamp"
Puede continuar leyendo y escribiendo la tabla original mientras pt-online-schema-change está funcionando. Cuando termina, cambia automáticamente los nombres de las tablas y descarta el original.
Puede ver una grabación de un seminario web sobre esta herramienta por parte de su diseñador. La visualización es gratuita, pero requiere registro:http://www.percona.com/webinars/2012-05-02-zero-downtime-schema-changes-in-mysql