El problema estaba en MySQL 5.5, que ejecuta las subconsultas de manera ineficiente. La PC de mi casa ejecuta MySQL 5.6, que es mucho mejor en este sentido. Así que actualicé MySQL en EC2 a la versión 5.6 y se volvió casi tan rápido como la PC de mi casa (en la medida en que solo una se trata de consultas simultáneas).
