JDBI no es muy adecuado para construir consultas dinámicas. En mi opinión, el objetivo de esta biblioteca es separar el código y las consultas SQL tanto como sea posible.
Sin embargo, su caso particular podría resolverse mediante SQL:
COALESCE(:foo, foo)
si 'foo' es el nombre de la columna en la tabla, y :foo se resolverá como NULL, entonces mysql SET será efectivo
SET foo=foo
es decir, no hará nada (que es el comportamiento deseado en su caso). Si :foo no es nulo, será equivalente a
SET foo=:foo
