Esta es la única solución que encontré para mantener el orden. Use una expresión incluso si ese campo existe o no. De esa manera, el orden es el que esperarías:
if (TRUE) {
// To keep the order of the fields we have to use this hacky way.
// Use a function that will not modify the string
$query->addExpression("IFNULL(table_name.field_name, '')", 'field_name_alias');
} else {
$query->addExpression(':field', 'field_name_alias', array(':field' => NULL));
}