Esta es la respuesta que se me ocurrió. Esperemos que ayude a alguien en el futuro:
Mi controlador php:
<?php
require_once("con.php");
$ID=$_POST['ID'];
$paid=$_POST['paid'];
$active=$_POST['active'];
$count=count($ID);
$n= implode(", ", $ID);
$ID=explode(',',$n);
$p=implode(", ", $paid);
$paid=explode(',',$p);
$a=implode(", ", $active);
$active=explode(',',$a);
$i=0;
for ($i; $i<$count; $i++)
{
echo $paid[$i];
echo $active[$i];
echo $ID[$i];
//adds updated info to database
$uc=updateCompany($paid[$i],$active[$i],$ID[$i]);
$r = mysqli_query($mysqli,$uc);
echo "Information stored successfully";
}