No, mysqli_query no cambiará automáticamente el nivel de aislamiento. Conectarse a través de mysqli es, en muchos sentidos, como conectarse a través de mysql cli. En ambos casos obtendrá el nivel de aislamiento predeterminado. Y al igual que la cli, mysqli no puede hacer ninguna suposición sobre qué declaraciones vendrán a través de la conexión.
De todos modos, si tiene buenas razones para preocuparse por el nivel de aislamiento, creo que debería configurarlo explícitamente, por ejemplo:
$mysqli_connection->query("SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL READ UNCOMMITTED");
De esa manera, puede asegurarse de tener el nivel de aislamiento que desea y puede comentar sus razones en el código.
