Ok, logré encontrar una solución "limpia", usando la combinación, configuración, etc. de codeigniter. Entonces, lo bueno es que tendrá todos los beneficios de CI al usar $this->db->join(), $this->db->join(), etc. como escapar y agregar comillas.
Así que primero haz todas tus cosas de CI:
$this->db->join(..) // Set all your JOINs
$this->db->set(..) // Set your SET data
$this->db->where(..) // Set all your WHEREs
Luego, puede crear la consulta utilizando los elementos de consulta listos, limpios y escapados de Active Record:
// JOIN
$sql = "UPDATE $this->baseTable ";
$sql .= implode(' ', $this->db->ar_join);
// SET
$sql .= ' SET';
$setArray = array();
foreach ($this->db->ar_set as $column=>$newValue)
array_push($setArray, " $column = $newValue");
$sql .= implode(',', $setArray);
// WHERE
$sql .= ' WHERE '.implode(' ', $this->db->ar_where);
$this->db->query($sql);
Si alguien tiene una solución mejor, la aceptaré con gusto y la usaré en su lugar