Descargo de responsabilidad:soy el mantenedor de Sequel.
Sequel probablemente sería la forma más fácil de hacer esto. La herramienta bin/sequel puede copiar una base de datos MySQL a una base de datos SQLite, por lo que si observa el código fuente (http://github.com/jeremyevans/sequel/blob/205d8a04842c143736de76d645a2a955a1ca641f/bin/sequel ), puede hacerse una idea de cómo hacer esto con Sequel.
Debido a la forma en que se construyen las cosas, probablemente sea más fácil simplemente copiar el esquema directamente y luego eliminar las columnas innecesarias. Alternativamente, solo escribiría el código para crear el esquema de base de datos SQLite que quería.
El código para copiar los datos probablemente puede usar una versión modificada de lo que está en bin/sequel.