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optimización de consultas:'dónde no está' en sí mismo

Algo como esto podría funcionar más rápido porque no usa la declaración IN que podría estar repitiéndose una y otra vez sobre una tabla en memoria. Haz una copia de seguridad y prueba

DELETE 
FROM `table` main
WHERE STR_To_DATE( main.Timestamp , '%a %b %d %H:%i:%s CST %Y' )<
  (SELECT  MAX( STR_To_DATE( sub.Timestamp , '%a %b %d %H:%i:%s CST %Y' ) 
   FROM `table` sub
   WHERE sub.Retrieving_User = main.Retrieving_User )
AND main.Retrieving_User = 'userID'