Supongo que está abordando los nombres de las tablas en mayúsculas, lo que funcionó en Windows pero ya no funciona en Linux debido a la distinción entre mayúsculas y minúsculas.
Tú podrías cambiar el nombre de cada base de datos. Sin embargo, si tiene acceso a la configuración de mySQL, también debería poder establecer --lower-case-table-names a 1
.
No tengo experiencia con la opción, pero de acuerdo con el manual, hace que mySQL se comporte sin distinción entre mayúsculas y minúsculas en las tablas, como lo hace de forma predeterminada en Windows.
