usando CASO CUANDO:
SELECT *, (
SELECT `TableName` FROM `TableNames` WHERE `TableID`=`IndexType`
) AS `IndexTypeName`,
CASE
WHEN IndexType=1 THEN (SELECT Username FROM Users WHERE IndexRowID=UserID)
WHEN IndexType=2 THEN (SELECT MessageContent FROM Messages WHERE IndexRowID=MessageID)
WHEN IndexType=3 THEN (SELECT CommentContent FROM Comments WHERE IndexRowID=CommentID) END TableValue
ORDER BY `IndexTime` DESC;
La mejor solución es poner los datos de esas diferentes tablas en una tabla y usar el typeid para separarlos