Bien, evaluando todos los parámetros de la agrupación de conexiones, parece validationQueryTimeOut estaba causando todo este problema. Después de quitar ese parámetro todo es normal. Ahora mis propiedades de agrupación de conexiones de trabajo son así
properties {
initialSize=5
maxActive=50
minIdle=5
maxIdle=25
maxWait = 10000
maxAge = 10 * 60000
timeBetweenEvictionRunsMillis=5000
minEvictableIdleTimeMillis=60000
validationQuery="SELECT 1"
validationInterval=15000
testWhileIdle=true
testOnBorrow=true
testOnReturn=false
jdbcInterceptors = "ConnectionState"
defaultTransactionIsolation = java.sql.Connection.TRANSACTION_READ_COMMITTED
}