Analizar los resultados de la consulta mySQL y formar una matriz para if/else

Si necesita que estos datos se carguen en in_array , entonces debería estar en forma de matriz, no puede usar una cadena json.

$stmt = $dbh->prepare('SELECT DISTINCT cohort_id FROM table_cohorts'); 
$stmt->execute();
$cohort_ids = array();
while($row = $stmt->fetch(PDO::FETCH_ASSOC)) {
    $cohort_ids[] = $row['cohort_id'];
}

if(in_array($user_input, $cohort_ids)) {
    // do the rest
} else {
    // oops your input is not any of those
}