Las declaraciones SELECT tienen un número diferente de columnas

Es porque tu primer SELECT y 2º SELECT tienen un número variable de columnas, ya que introdujiste Distance en 2do SELECT .

Así que intenta hacer Distance en la primera consulta nulo o 0 de la siguiente manera.

SELECT * FROM
(
   SELECT *, 0 as Distance
   FROM user u
   INNER JOIN employee e ON (u.empid = e.empid)
   INNER JOIN awards a ON (u.empid = a.empid)
   WHERE u.empid = 123

   UNION

   SELECT *, ( 3959 * acos( cos( radians(37) ) * cos( radians( lat ) ) * cos( radians( lng ) - radians(-122) )+ sin( radians(37) ) * sin( radians( lat ) ) ) ) AS distance
   FROM user u
   INNER JOIN employee e ON (u.empid = e.empid)
   INNER JOIN awards a ON (u.empid = a.empid)
   HAVING distance < 25
   ORDER BY distance
) a
ORDER BY timestamp DESC