Como se documenta en Fine-Tuning MySQL Full-Text Search :
Tenga en cuenta que, como se describe en otra parte de esa página, debe establecer esta variable cuando se inicia MySQL (por ejemplo, como una opción de línea de comando, o en el [mysqld] sección de un archivo de opciones relevante) y debe reconstruir sus índices de texto completo una vez que se haya cambiado.
