Deberías tener que configurar la fecha y hora. Su columna created_at se actualizará automáticamente a la marca de tiempo actual en la inserción. Consulte la documentación en Inicialización y actualización automáticas para TIMESTAMP .
Su declaración debe ser
cursor.execute("""INSERT INTO temps VALUES (%s,%s,CURRENT_TIMESTAMP)""",(avgtemperatures[0],avgtemperatures[1]))
