UNIÓN MySql para ACTUALIZAR

Cree una tabla temporal y complétela con:

CREATE TEMPORARY TABLE temptable (id INTEGER, VALUE VARCHAR(200))

INSERT
INTO temptable
VALUES
  ('1', 'val1'),
  ('2', 'val2'),
  ('3', 'val3'),
  ('4', 'val4')

Luego emita:

UPDATE
  mytable m, temptable t
SET m.value = t.value
WHERE m.id = t.id