Eso no es posible lo que intentas lograr.
Debe crear una Entidad para users_skills_levels. P.ej. UserSkillLevel Esta entidad tendrá una relación ManyToOne con el usuario y una relación ManyToOne con las habilidades más el nivel de atributo.
El usuario tiene una colección de UserSkillLevel y la entidad Skill también.
Encuentre un ejemplo más detallado aquí:
https://pensamientos-en-java.org/muchas-relaciones- propiedades-adicionales/
