Eliminar archivos que no están en una TABLA mySQL

Simplemente seleccione todas las imágenes que no deben eliminarse de la base de datos y revise todos los archivos.

$result = mysql_query("SELECT filename FROM no_delete");
while($row = mysql_fetch_assoc($result)) {
   $do_not_delete[] = $row['filename'];
}

foreach(glob("*") as $filename) {
    if (!in_array($filename, $do_not_delete)) {
        //delete them
    }
}