Quería comentar, pero todavía no puedo según mi reputación :-(
Pero estoy bastante seguro de que esto responde a tu pregunta:"Cuando se actualiza una asociación bidireccional, Doctrine solo verifica estos cambios en uno de los dos lados. Esto se llama el lado propietario de la asociación".
Consulte la documentación de asociaciones:http://doctrine -orm.readthedocs.org/en/latest/reference/working-with-associations.html y especialmente http://doctrine-orm.readthedocs.org /en/latest/reference/unitofwork-associations.html