¿Prioridad de transacción?

Intentaría mantenerlo simple S....., y usaría un proceso de bloqueo de archivos simple como este en la parte superior de su secuencia de comandos cron existente.

$fp = fopen("/tmp/my_cron_lock.txt", "r+");

if ( ! flock($fp, LOCK_EX)) {
    // other cron is overrunning so
    // I'll get restarted in 3 mins 
    // so I will let other job finish

    fclose($fp);

    exit;
}

// existing script



// free the lock, 
// although this will happen automatically when script terminates

    fclose($fp);
?>