(En general, hoy en día lo haría todo en UTF-8). Hay una gran cantidad de puntos en los que se puede establecer la codificación. Desde el servicio web, probablemente obtenga XML en UTF-8. Eso se lee correctamente automáticamente, ya que XML maneja la codificación de forma estricta.
En el nivel de la base de datos, existe la base de datos, la tabla y el campo con una codificación predeterminada y explícita. Además, la URL de conexión debe estar parametrizada con la codificación correcta.
El mensaje de error muestra los bytes UTF-8 para esa A acentuada y supongo que no está disponible en Latin1. Para MySQL, la cadena de conexión podría verse así:
jdbc:mysql://localhost/MYDB?useUnicode=true&characterEncoding=UTF-8
