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PHP y encapsulando filas de MySQL en una matriz JSON

Parafraseando a Marc, solo reemplaza esta línea:

while($row = mysql_fetch_array($result))

Con esto:

while($row = mysql_fetch_array($result, MYSQL_ASSOC))

Para obtener un JSON más limpio. Por defecto mysql_fetch_array() devolverá un índice entero y un índice asociativo, solo desea el índice asociativo.