Php Mysql NOT IN array solo afecta el primer resultado en el array

No necesita la cita aquí:

WHERE id NOT IN('".$exclude."')
                ^            ^

También podría lograr el mismo resultado en una consulta:

SELECT 
  id, 
  firstName, 
  lastName 
FROM members 
WHERE id NOT IN
  (SELECT 
     member_id 
   FROM appointments 
   WHERE joint_id = '$jointid')