php insertando matriz preg_match_all

Aquí http://php.net/manual/en/function. preg-match-all.php puedes leer sobre el cuarto parámetro de preg_match_all. Puede recorrer las URL encontradas. Cambié el final de su expresión regular para que no abarque toda la línea:

$urlinput=mysql_real_escape_string($_POST['url']); 
$pattren="/(http:\/\/)[a-zA-Z0-9]*\.[a-z]*(.*)|(www)\.[a-zA-Z0-9]*\.[com]*([a-zA-Z0-9\.\-_\/\?=\:]*)/";
preg_match_all( $pattren, $urlinput, $matches, PREG_SET_ORDER );
foreach($matches as $match) {
  $id=rand(10000,99999);
  $shorturl=base_convert($id,20,36);
  $sql = "insert into url values('$id','" . mysql_real_escape_string($match[0]) . "','$shorturl')";
  mysql_query($sql,$con);
}

También tenga cuidado con la inyección SQL y use mysql_real_escape_string cuando use datos de usuario en sus consultas.