Esto debería funcionar:
$statement = "UPDATE mytable
SET key = CASE id
WHEN 1 THEN 'key'
WHEN 2 THEN 'another_key'
WHEN 3 THEN 'some_key'
END,
value = CASE id
WHEN 1 THEN 15
WHEN 2 THEN 25
WHEN 3 THEN 45
END
WHERE id IN (1, 2, 3)
");
DB::statement($statement);
Solo piensa cómo crear la consulta correcta. Si es el panel de administración o algo que no se ejecutará con mucha frecuencia, solo usaría la iteración para simplificar las cosas.