Si está buscando implementar un clon de IRC, creo que ha elegido todas las herramientas incorrectas.
La mejor manera de hacer esto sería escribir un servidor HTTP personalizado que maneje todo en la memoria. Sin bases de datos, sin sondeo constante de archivos. Cuando llega un mensaje, simplemente recorre la lista en memoria correcta y envía el mensaje a otros usuarios. Para la conexión del navegador al servidor, sugiero "Comet " (con sockets web para navegadores compatibles, si te apetece).
Es probable que PHP no sea el lenguaje de elección para esto, porque casi todo el trabajo realizado con PHP se basa en solicitudes cortas y aisladas tradicionales. Para un proceso de ejecución prolongada que sirve a múltiples clientes en tiempo real, sugeriría algo como Python o Node.js.