Sí, puede modificar una CLAVE PRIMARIA utilizando pt-online-schema-change. Así es como funciona pt-online-schema-change:
- Adquirir un breve bloqueo de metadatos en origA
- Añadir disparadores en origA
- Crea una nueva tabla exactamente como origA, newA
- Aplicar la instrucción ALTER a newA.
- Copie las filas de origA a newA.
- Cuando termine, cambie el nombre de origA a oldA, cambie el nombre de newA a origA.
- Eliminar viejoA
En ningún momento a ninguna de las tablas le falta una CLAVE PRINCIPAL. No es necesario agregar una clave ÚNICA. Todo lo que necesitas para ejecutar es el #2 en tu conjunto y eso lo hará.